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SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions）是瑞士蘇黎世聯邦理工學院的 Ruedi Aebersold 博士及其團隊與 AB-SCIEX 于 2012 年聯合推出的一項全新的質譜采集模式技術。SWATH技術具有靈敏度高，重現性強，準確度高，高通量，線性動態范圍大等優點。傳統的質譜數據采集方式為數據依賴型（Data-dependent acquisition，DDA）采集方式也叫做 Shot-gun 法，在一級質譜掃描中，根據母離子的強度高低來選擇母離子進行串聯質譜的掃描，得到二級譜圖在蛋白數據庫進行搜索。這種掃描方式會丟失大量有用的譜圖，同時重復性較差。

SWATH 采集模式是一種新型的 MS/MS 掃描技術，屬于數據非依賴型采集方式（Data-independent acquisition，DIA）。DIA按照設定的方法，將所有的母離子都進行串聯質譜掃描。SWATH 根據酶解肽段的質荷比和洗脫時間來設計采集二級譜圖的離子窗口。以掃描范圍 400～1200 為例，m/z 25 作為一個掃描間隔（SWATH），每個 SWATH 掃描時間設定為100ms，那么該掃描范圍累計需要 32個掃描窗口，完成一次掃描僅需要 3.2秒。

SWATH流程圖如圖所示，分為以下幾個步驟：

1）蛋白質的提取，酶解和純化。

2）酶解后的肽段進行 shotgun檢測，用 proteinpilot進行數據庫檢索，得到蛋白定性

3）根據 shotgun 的檢測結果，確定 SWATH 的掃描間隔等質譜參數，進行樣本的 SWATH檢測，每個樣本重復檢測3次。

4） 用shotgun 的檢索結果建立離子譜圖庫，SWATH樣本檢測到的譜圖信息使用Peakview在離子庫中進行蛋白的匹配和定量信息的提取。

5）將Peakview導出的蛋白結果導入到 Makerview進行數據處理，得到蛋白定量結果。

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