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HuProt TM 20K人類蛋白組芯片，是迄今國際最高通量的蛋白芯片，芯片上有19,394 種人類全長蛋白質，覆蓋75%的人類基因組ORF區。重組蛋白采用酵母表達系統，逐個進行表達與純化鑒定。在芯片上每個蛋白質均設置技術重復，并設有多個質控點，確保實驗體系穩定可靠。

熒光共定位（Fluorescence co-localization）是對樣品內兩種熒光標記的信號共同分布的位置進行分析，通常有“基因-標簽”融合蛋白表達和免疫熒光兩種方式。共定位就如字面意思上所說的，只能夠表明蛋白A和B都在此細胞有表達，并且在同樣的細胞內位置/細胞器，是說明兩個蛋白存在直接或間接相互作用的細胞學佐證，這個技術一般用于細胞內輔助證明蛋白相互作用，可以作為其他蛋白質相互作用研究方法的輔助檢測手段。

GST-Pulldown實驗的基本原理是將bait protein-GST融合蛋白親和固化在谷胱甘肽親和樹脂上，作為與目的蛋白親和的支撐物，目的蛋白溶液（或cell lysate）過柱，可從中捕獲與之相互作用的Prey Protein(目的蛋白)，洗脫結合物后通過SDS-PAGE電泳分析,從而證實兩種蛋白間的相互作用或篩選相應的目的蛋白。

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經典方法。 是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。

將標簽（如SBP）與特定基因融合表達，融合蛋白用鏈霉親和素（strep）磁珠親和純化，經生物素洗脫，即可得到蛋白復合物。將實驗組和對照組的洗脫蛋白分別做質譜，在實驗組結果中扣除對照組中的蛋白，即可鑒定出與靶蛋白互作的蛋白。